Os Comandos nasceram como força especial de contra-guerrilha, correspondendo à necessidade do Exército Português de dispor de unidades especialmente adaptadas a este tipo de guerra com que, em 1961, se viu enfrentada, durante a Guerra do Ultramar. A força destinava-se a:

•      realizar acções especiais em território português ou no estrangeiro;
•      combater como tropas de infantaria de assalto;
•      dotar os altos comandos políticos e militares de uma força capaz de realizar operações irregulares.

A instituição torna-se operacional em 25 de junho de 1962, quando, em Zemba, no Norte de Angola, foram constituídos os primeiros seis grupos do que seriam considerados os antecessores dos comandos. Seria criado o CI 21 (Centro de Instrução de Contra-Guerrilha), que funcionou perto do Batalhão de Caçadores 280, e que contou como instrutor com o fotógrafo italiano e antigo sargento da Legião Estrangeira, Dante Vacchi, que já trazia experiência das guerras em Argélia e Indochina.

Dado que os seis grupos preparados neste centro obtiveram excelentes resultados operacionais, o comando militar em Angola decidiu integrá-los na orgânica do Exército entre 1963 e 1964, criando os CI 16 e CI 25, na Quibala, Angola. Surgia assim, pela primeira vez, a designação de "Comandos" para as tropas aí instruídas.

A 26 de Abril de 1985 o Regimento de Comandos foi agraciado com o grau de Membro-Honorário da Ordem Militar da Torre e Espada, do Valor, Lealdade e Mérito, a 13 de Dezembro de 1993 com o grau de Membro-Honorário da Ordem Militar de São Bento de Avis e a 17 de Junho de 2013 com o grau de Membro-Honorário da Ordem Militar de Cristo.

A 8 de Junho de 2007 a Associação de Comandos foi agraciada com o grau de Membro-Honorário da Ordem do Infante D. Henrique.