Atualmente, os Comandos estão vocacionados para a realização das seguintes missões:

•      Operações de ataque em profundidade na área da retaguarda do inimigo;
•      Operações aerómoveis;
•      Operações de contra insurreição;
•      Operações como força de intervenção no âmbito da Segurança da área da retaguarda;
•      Operações de apoio à paz, com prioridade para as operações de imposição de paz;
•      Operações humanitárias, com prioridade para as operações de evacuação de não combatentes (NEO).