O símbolo identificativo das tropas de comandos do Exército Português mais conhecido é a famosa boina vermelha. Pelo uso deste item de fardamento, os comandos são algumas vezes apelidados de "boinas vermelhas". Curiosamente e ao contrário da ideia corrente, a boina vermelha não esteve em uso durante a grande maioria da atividade operacional dos comandos na Guerra do Ultramar, dado que o seu uso só foi oficialmente autorizado em meados de 1974, já depois da Revolução dos Cravos.

A partir de 1963, sem qualquer autorização superior, algumas unidades de comandos adoptaram o uso de boina de cor vermelha em detrimento da cor castanha, a única oficialmente adoptada para todas as boinas em uso no Exército Português. O uso não autorizado da boina vermelha ou de outra cor que não a castanha foi expressamente proibido pelo então ministro do Exército, general Luz Cunha, através de um Despacho de 22 de novembro de 1965. Contudo, no mesmo Despacho, o general Luz Cunha reconheceu o legítimo desejo das tropas de comandos se diferenciarem, ordenando a criação de um emblema ou distintivo para caracterizar aquela especialização. A partir de então, por norma, os comandos passaram a utilizar boina castanha com um emblema privativo daquele tipo de tropas, constituído por um punhal e um ramo de louro sobre os quais assentava o Escudo Nacional.

Apesar da proibição expressa do uso de boinas de cor que não a castanha, algumas unidades de comandos na Guiné adoptaram o uso de boina camuflada. Entre essas unidades, estavam a 3ª e a 5ª companhias de comandos, que serviram na Guiné entre 1966 e 1968.

Finalmente, o uso de boina vermelha é oficialmente autorizado a 19 de julho de 1974, através da Circular n.° 3156/LS da 4ª Repartição do Estado-Maior do Exército. Esta Circular autoriza que todos os militares com o curso de comandos averbado e prestando serviço em unidades da especialidade usem boina vermelha púrpura com fitas pretas. Nesta altura, tendo ocorrido a Revolução dos Cravos a 25 de abril de 1974, havia já a decisão política de acabar com a Guerra do Ultramar, estando a ocorrer negociações para um cessar fogo com os movimentos independentistas de Angola, Guiné e Moçambique. A boina vermelha, contudo, foi ainda usada pelas unidades de comandos que serviram no Ultramar entre esta altura e a independência dos últimos territórios ultramarinos africanos em 1975.